日本的鐵路發展以城市為中心，可分為市區內的短程路線以及不同城市間的中長程路線。列車的發車時間相對而言較為準時，中短程的搭乘費用也比其他交通工具低廉。此外，若搭乘新幹線，東京～新大阪只需約2小時半，東京～博多也只需5小時左右，非常適於長途旅行。
新幹線
新幹線可高速往返於大城市之間，由JR營運，大部分的路段都以超過200km/h的車速行駛。除了速度之外，在舒適度和安全方面也有高水平的保證。新幹線的路線有以下6種，列車名稱則有Nozomi(のぞみ)、Hikari(ひかり)、Kodama(こだま)三種。
| 名稱 | 起始點 | 終點 | 路線長度 | 營業里程 | 營運公司 |
|---|---|---|---|---|---|
| 山陽新幹線 | 新大阪車站 | 博多車站 | 553.7km | 644.0km | JR西日本 |
| 東北新幹線 | 東京車站 | 八戶車站 | 593.1km | 631.9km | JR東日本 |
| 上越新幹線 | 大宮車站 | 新潟車站 | 269.5km | 303.6km | |
| 北陸新幹線※ | 高崎車站 | 長野車站 | 117.4km | 117.4km | |
| 九州新幹線鹿兒島線 | 新八代車站 | 鹿兒島中央車站 | 126.8km | 137.6km | JR九州 |
JR
JR(ジェイアール)是Japan Railway(日本鐵道)的簡稱，分為JR東日本、JR西日本、JR北海道、JR東海、JR四國、JR九州以及運貨鐵路等七家公司。JR的路線分佈在日本是最普及的，搭乘人數眾多。一般的JR路線為了和新幹線區別，稱作「在來線」。JR路線幾乎網羅日本全國各地，適合中、短程的旅途搭乘。
地下鐵
地下鐵道(ちかてつどう)簡稱地下鐵(ちかてつ)。由於大部分路段位於地面底下，無法欣賞窗外風景，因此不適於觀光用途。不過地下鐵通常數分鐘便有一班車，班次穩定，在大城市內往返時相當方便。此外，地下鐵可停靠在地面鐵路沒有停靠的車站，提供更為便利的交通選擇。地下鐵的費用和其他公共交通工具相較，通常稍微偏高。
私鐵
日本境內除了JR之外，另有民間企業營運的鐵路和軌道，統稱私鐵(有時也稱作民營鐵道)。較著名的有東武鐵道、西武鐵道、小田急電鐵、東京地下鐵、名古屋鐵道、阪急電鐵、阪神電氣鐵道等。除此之外，全國各地尚有數十家鐵道公司。