在没有列车通行的地区，或是要前往火车站或机场时，巴士便可发挥辅助性的交通功能。此外，在城市与城市之间，也有长途高速巴士通行。
区域公车
区域公车行驶于市中心，或往返于火车站及郊外之间，距离较短，和电车同为观光时重要的交通工具。一般而言，公车的停靠站数较多，价格也较便宜，不过在非都会区的班次较少，必须特别留意。在旅途中，除了注意公车出发时间外，也应事前确认回程的搭车时间。原则上，公车会停靠在所有的停靠站。支付车费时，若为统一费率，通常在乘车时支付；若是随搭乘距离而增加的变动费率，则在下车时支付。
搭乘公车时，可以透过车窗欣赏沿路风景。公车和电车不同之处，便是行驶在街道之间，停靠在最接近观光景点之处，让旅客能够从更近的距离接触日本。
公车搭乘方式
●搭乘公车
搭乘公车的时候，应在前往目的地的公车站牌前等候。车身前方和侧面标有路线号码、终点站以及主要停靠站等资讯，在搭乘前可先行确认。大多数的公车是由前门上车、后门下车，不过也有些公车是由后门上车、前门下车。
●支付车费
日本公车依照营运公司惯例，分为上车收费及下车收费两种收费方式，通常不需要买票，只要在上车或下车时直接将钱币投入司机座位旁边的收费箱。如果身上没有零钱，可在车内兑换千圆钞票。将千圆钞票插入自动兑换机，便会出现零钱，从中拣选所需费用投入收费箱即可。不同公车的收费箱会有些差异，为了避免临时慌了手脚，应事先准备好零钱。
●乘车费用
乘车费用分为单一费率以及随不同区间增加的变动费率两种。一般而言，统一费率的公车不使用票券，变动费率的公车则可能要在上车时领取「整理券」，上面印有分区号码，上车后可在前方电子萤幕上看到该区间目前的车费金额。有些地区也有贩售乘车通行证，搭车时会方便许多。
●下车方式
在日本，每一台公车都会以车内广播宣布下一站的站名。听到目的地的广播后，要下车的乘客应按下两旁的「下车铃」，如果没有按铃，公车就不会停下来。下车铃按下之后会亮灯，这时车内广播会宣布「下一站停车」，司机也会停靠在该站。如果已经有其他乘客先按铃，则不需要再按。若听不懂日语，也可在前方萤幕上确认该站名称，避免坐过站的情况发生。下车门往往跟上车门不同，可观察其他乘客从何处下车。另外，在下车之际付钱时，请尽量事前准备好零钱，以免造成他人困扰。如果需要兑换零钱，应在抵达目的地之前完成。
观光巴士
观光巴士是以观光为主要目的的巴士，主要租借给团体观光客使用。在大城市和观光区，也有巴士公司营运的定期观光巴士，行驶一定的观光路线。出发地点包括巴士总站、机场、火车站或旅馆等，通常为3~8小时的当日来回行程，是相当便利的交通工具。其中也有附上导游的班次，提供车内服务、观光导览及当地导游等服务。
高速巴士
高速巴士可行驶于高速公路上，连结相距数十至数百公里的城市，或往返于城市与观光景点之间。高速巴士的路线网涵盖全国各地，几乎不需要换车便可抵达目的地，价格也相对比较便宜。若搭乘夜间巴士，可在次日清晨抵达目的地。每逢周末或假日有可能会碰到塞车，因此最好在时间充裕的情况下搭乘。此外，搭乘巴士必须在座位上待很长的一段时间，也是缺点之一。
